In una ciotola, unire la pasta di achiote, il succo d'arancia, il succo di lime, l'aglio tritato, il cumino, l'origano, il sale e il pepe nero. Frullare fino a ottenere un composto liscio per creare la marinatura.

Posizionare i pezzi di spalla di maiale in una grande ciotola e rivestire completamente con la marinatura di achiote. Coprire e refrigerare per almeno 2 ore o durante la notte per i migliori risultati.

Preparare le cipolle sott'aceto combinando le cipolle rosse affettate, l'aceto bianco, lo zucchero, l'origano secco e il sale in un barattolo. Agitare bene e refrigerare per almeno 1 ora.

Preriscaldare il forno a 150°C (300°F). Posizionare il maiale marinato in una teglia profonda con le foglie d'alloro e coprire saldamente con carta stagnola.

Arrostire il maiale per 3,5-4 ore fino a quando non sia tenero al tocco della forchetta e la temperatura interna raggiunga almeno 75°C (165°F) per la sicurezza alimentare.

Togliere il maiale dal forno e sminuzzare usando due forchette mentre ancora caldo. Mescolare la carne sminuzzata con i succhi della teglia per un'umidità e un sapore extra.

Scaldare le tortillas di mais in una padella asciutta a fuoco medio per circa 30 secondi per lato fino a quando diventano morbide.

Assemblare i tacos posizionando porzioni generose di cochinita pibil sminuzzata su tortillas calde. Aggiungere cipolle rosse sott'aceto sciolate, coriandolo fresco e habanero affettato se desiderato.

Servire immediatamente con cipolle sott'aceto extra e spicchi di lime sul lato.