Precalienta el horno a 200°C. Coloca las rodajas de prosciutto en una bandeja de hornear forrada con papel pergamino y hornea durante 8-10 minutos hasta que esté crujiente, asegurando que la temperatura interna alcance 63°C. Deja reposar para que se enfríe y crujiente aún más.

En una olla grande y profunda u horno holandés, derrite la mantequilla a fuego medio. Agrega las cebollas amarillas rebanadas y las partes blancas de las cebollas tiernas con una pizca de sal. Cocina durante 25-30 minutos, revolviendo ocasionalmente, hasta que estén profundamente caramelizadas y doradas.

Agrega el ajo picado y el tomillo a las cebollas caramelizadas y cocina durante 1 minuto hasta que esté fragante.

Espolvorea la harina sobre las cebollas y revuelve durante 1 minuto para eliminar el sabor a harina cruda.

Vierte el vino blanco y raspa los trozos dorados del fondo de la olla. Deja hervir a fuego lento durante 2 minutos.

Agrega el caldo de res y lleva a ebullición. Añade la pasta rigatoni, revuelve bien, luego reduce el fuego a medio. Cubre y cocina durante 12-14 minutos, revolviendo ocasionalmente, hasta que la pasta esté al dente y el líquido se haya reducido a una consistencia de salsa.

Retira del fuego y revuelve tres cuartas partes del Gruyère hasta que esté derretido y cremoso. Sazona con sal y pimienta al gusto.

Sirve cubierto con el Gruyère restante, prosciutto crujiente desmenuzado, verdes de cebolla tierna y perejil fresco.