Pré-aqueça o forno a 200°C. Coloque as fatias de presunto em uma assadeira forrada com papel manteiga e asse por 8-10 minutos até ficar crocante, garantindo que a temperatura interna atinja 63°C. Reserve para esfriar e ficar mais crocante.

Em uma panela grande e profunda ou holanda, derreta a manteiga em fogo médio. Adicione as cebolas amarelas fatiadas e as partes brancas das cebolinhas com uma pitada de sal. Cozinhe por 25-30 minutos, mexendo ocasionalmente, até ficar profundamente caramelizado e dourado.

Adicione o alho picado e o tomilho às cebolas caramelizadas e cozinhe por 1 minuto até ficar fragante.

Polvilhe a farinha sobre as cebolas e mexa por 1 minuto para eliminar o gosto de farinha crua.

Despeje o vinho branco e raspe os pedaços queimados do fundo da panela. Deixe fervir em lume brando por 2 minutos.

Adicione o caldo de carne e leve ao ponto de fervura. Adicione a massa rigatoni, mexa bem, depois reduza o fogo para médio. Cubra e cozinhe por 12-14 minutos, mexendo ocasionalmente, até a massa ficar al dente e o líquido reduzir a uma consistência de molho.

Retire do fogo e mexa em três quartos do Gruyère até derreter e ficar cremoso. Tempere com sal e pimenta a gosto.

Sirva coberto com o Gruyère restante, presunto crocante desfiado, cebolinhas verdes e salsa fresca.